L’e-bike è dotata di un impianto frenante migliore rispetto ad una bicicletta, in quanto viaggia in media ad una velocità superiore ed è più pesante, quindi i freni devono sostenere uno sforzo maggiore.
Ciò ha fatto sì che la quasi totalità di esse sia dotata di freni a disco, sono più resistenti alla fatica rispetto ai freni a pattino ed anche più leggeri rispetto ai freni a tamburo. Le dimensioni di questi freni variano da 140 mm a 220 mm di diametro in base alla tipologia di utilizzo (mountain bike, city, etc.).
L’attenzione principale va posta sull’allineamento del disco con le pinze, in quanto la non corretta posizione genera un forte consumo delle pastiglie e surriscaldamento dell'impianto, con evidente peggioramento delle prestazioni. Nella manutenzione periodica va posta attenzione proprio all’usura delle pastiglie dei freni, perché se troppo consumata potrebbe rovinare il disco e non frenare adeguatamente.